Il II Capitolo Generale si apre in un’atmosfera irrequieta e carica di tensioni per l’irrisolta “questione degli ospedali”. P. Oppertis, Provinciale di Napoli, continua la sua opera id mediatore fra i Religiosi e il Fondatore avanzando la proposta di dividere l’Ordine in due parti, con due regole, l’una delle quali abbracciasse il servizio degli Ospedali secondo il proposito del Fondatore e l’altra la raccomandazione delle anime degli agonizzanti nelle case private.

La proposta piace grandemente a San Camillo. Di fronte a un’eventuale spaccatura dell’Istituto, diceva che “l’una e l’altra parte troverebbe gran terreno da lavorare, e che anco San Francesco e altri Santi avevano fatte molte e diverse Regole”.

Dopo l’accettazione da parte della Consulta, il II Capitolo è indetto a soli tre anni dal precedente. I partecipanti sono 25, dei quali 19 Sacerdoti e 6 Fratelli. Di questi, 16 avevano già preso parte al I Capitolo. Sono presenti i più rappresentativi e qualificati membri dell’Ordine fra i quali, oltre al Fondatore, P. Oppertis, P. Profeta, P. Cicatelli e P. Nigli.

Sono membri di diritto il Padre Generale, i Consultori e i Superiori delle Case. Il gruppo più forte, anche in questo Capitolo, è quello dei religiosi di origine napoletana, come d’altronde tale è la maggioranza dei Professi dell’Ordine.

Gli argomenti principali trattati in Capitolo sono: il servizio completo degli ospedali, la struttura e il governo dell’Ordine, le Regole Comuni e Particolari e i Canoni Penitenziali, oltre a disposizioni varie.

Le posizioni sulla “questione degli ospedali” restano invariate rispetto al I Capitolo: il Fondatore che vuole ad ogni costo il servizio completo con abitazione nel luogo e i Capitolari che vi sono contrari. La controversia si protrae per lungo tempo, spesso con la mediazione di periti esterni, e vede le due parti dibattersi animatamente senza riuscire a trovare un vero accordo.

Fra i vari provvedimenti, viene limitata molto l’autorità del Generale, che è stata esercitata fino allora in forma abbastanza autonoma, anche se nel 1596 gli si sono affiancati i quattro Consultori. Si stabilisce che dai Consultori debba essere eletto un Segretario, il cui compito è quello di ricevere e leggere, alla presenza del Generale e dei Consultori, tutta la corrispondenza, notare in un libro tutte le decisioni e i decreti che venivano presi, scrivere lettere a nome del Generale e annotare in un libro tutte l decisioni che non venivano eseguite per riferire poi al Capitolo Generale.

Si stabilisce inoltre che, per il retto governo dell’Ordine, il Generale debba risiedere a Roma e ai Consultori non possa essere affidato nessun altro incarico.

Il 4 agosto, una delle ultime sessioni, vengono eletti i Consultori Generali: P. Biagio Oppertis, P. Sanzio Cicatelli, Fr. Ottaviano Variani, Fr. Comanzio De Martino, e l’Arbitro P. Francesco Profeta (che deve intervenire nei casi in cui la Consulta non riesca a prendere decisioni unanimi), tutti e cinque trai Religiosi più rappresentativi e capaci dell’Ordine. I primi duesaranno poi Generali.

Profondamente insoddisfatto delle conclusioni del Capitolo è il Fondatore, al quale viene negata l’assunzione del servizio completo degli Ospedali come lui desidera, e “per le costituzioni fatte in favor dei Consultori che mirano a restringere la sua autorità, per tener alquanto in freno il suo ardente e smisurato fervore”.

La proposta iniziale, di dividere in due parti l’Ordine è, dunque, alla fine scongiurata. Di lì a poco, nei primi mesi del 1601 la Consulta si accingerà a scrivere le Costituzioni dell’Ordine, che porranno fine alle gravi discordie interne.